Bệnh tay chân miệng hiện vẫn chưa có vắc xin cũng như thuốc đặc trị nên phòng ngừa bệnh được xem là phương pháp ưu tiên nhất. Giáo dục cho trẻ thói quen rửa tay sạch với xà phòng thường xuyên, đặc biệt là trước khi ăn. Tránh để bé ngậm đồ chơi vào miệng và ăn các loại thức ăn sống. Khi phát hiện trẻ mắc bệnh phải nhanh chóng cách ly để tránh lây sang các bé đang khỏe mạnh khác.